همه‌ی كارشناسان و حتی دولتمردان بر استقلال بانك مركزی تاكید می‌كنند، اما در عمل نسخه‌ی شفابخشی برای این استقلال در اقتصاد كشور اجرا نشده‌است و تنها در دوره‌های مختلف درجه‌ی وابستگی بانك مركزی به دیگر نهادها تغییر كرده است. این موضوع باعث شده كه عملا سیاستگذاری پولی در كشور اثرگذاری خود را در برنامه‌ها و اهداف از دست بدهد. در سال‌های اخیر، دستیابی به ثبات قیمت‌ها كه با تورم كنترل شده و محدود تامین می‌شود، یكی از مهم‌ترین اهداف سیاستگذاران اقتصادی كشور بوده كه این مهم به سكاندار پولی كشور یعنی بانك‌ مركزی محول شده است. تجربیات جهانی نشان می‌دهد كه یكی از ویژگی‌های مهم بانك مركزی امروزی كه می‌تواند به اهداف تعیین‌شده خود با به‌كارگیری سیاست‌های پولی و نظارتی دست یابد، دارا بودن استقلال یا كمترین میزان وابستگی به دیگر نهادهای اقتصادی و سیاسی است.

این در حالی است كه كارشناسان به سه كج‌راه برای رسیدن دولت به منابع بانك مركزی اشاره می‌كنند. یكی از این كج‌راه‌ها میان بانك مركزی و دولت، فروش ارز حاصل از صادرات نفت از طرف دولت به بانك مركزی است. دومین كانال‌ ارتباطی دولت و بانك مركزی نیز از طریق بانك‌های تجاری برقرار می‌شود، به این معنا كه دولت به نحوی از طریق بانك‌های تجاری نیز تامین مالی می‌كند. در چنین وضعیتی اگر این بانك‌های تجاری با كمبود منابع مواجه شوند، ممكن است از بانك مركزی استقراض كنند. این روابط در نهایت، نشان‌دهنده‌ی استقراض دولت از بانك مركزی است اما به قیمت مخدوش كردن ترازنامه تعدادی از بانك‌های دولتی تمام می‌شود. افزون بر این، كج‌راه سومی میان دولت و بانك مركزی ایجاد شده كه مبتنی بر تكالیفی است كه دولت به منظور تخصیص منابع به بانك‌های تجاری تحمیل كرده است.

از سوی دیگر، عدم استقلال بانك مركزی هزینه بسیاری به اقتصاد كشور تحمیل كرده است. به باوركارشناسان خبره‌ی حوزه‌ی پولی و بانكی كشور، بزرگ‌ترین هزینه‌ی ایجادشده به دلیل ساختار معیوب رابطه‌ی بانك مركزی با دولت، تورم مزمن اقتصاد ایران در سال‌های اخیر است كه به گفته‌ی آنها، ریشه‌ی شكل‌گیری و طولانی شدن این تورم مزمن را باید در كانال‌های متعدد ارتباطی میان بانك مركزی و دولت جست‌وجو كرد. علاوه براین، بحران نظام بانكی به‌عنوان یكی از ابرچالش‌های اقتصاد كشور، به‌طور مستقیم تحت‌تاثیر این ساختار و نوع رابطه‌ی بانك مركزی و دولت بوده است.