عوارض شناخته شده هنگام استفاده از لوله تراشه شامل عوارض حین لوله گذاری،عوارض بعد از لوله گذاری و عوارض بعد از اكستوبه كردن بیمار است. كنترل دقیق و مداوم بیمار حین لوله گذاری و بعد از آن می تواند اندكی از این عوارض بكاهد. ورود بیش از حد لوله تراشه به تراشه ی بیمار كه ممكن است به داخل یكی از برونش ها(غالباًبرونش راست) هدایت شود در چنین وضعیتی با پر كردن كاف لوله تراشه ،برونش دیگر بسته شده و به علت عدم تهویه دچار آتلكتازی شود. یكی از تروماهای شایع ،صدمه به دندنهای بیمار است و خونریزی و شكستگی تیغه بینی از عوارض لوله گذاری با فشار از راه بینی است.جهت پیشگیری از این صدمه باید دقت شود كه هرگز از دندانهای بالای بیمار به عنوان اهرم جهت بالا كشیدن تیغه لارنگوسكوپ حین لوله گذاری استفاده نشود. با توجه به حذف مكانیسم های دفاعی راه هوایی فوقانی احتمال بروز عفونت افزایش می یابد. هنگام اینتوباسیون از راه دهان ،در صورت تحریك رفلكس gag امكان بروز استفراغ و آسپیراسیون محتویات معده به داخل تراشه وجود دارد. برای پیشگیری از زخم فشاری در كنار لب باید پوزیشن لوله در داخل دهان لااقل هر 24 ساعت یك بار تغییر نماید و یك گاز تا شده بین لوله تراشه و گوشه لب ها قرار داد.