تیروئیدیت هاشیموتو به واسطه ی پاسخ غیر طبیعی سیستم ایمنی رخ می‌دهد. این بیماری یك نوع بیماری خود ایمنی بوده كه در آن سیستم ایمنی سلول های تیروئید را با سلول‌های خارجی اشتباه گرفته و به آن‌ها حمله كند. همچنان‌كه بیماری پیشرفت می‌كند، سطوح TSH افزایش می‌یابد، و غده‌ی هیپوفیز تلاش می‌كند كه هورمون‌های بیشتری را تولید كند. با این‌حال، از آن‌جا كه غده‌ی تیروئید نمی‌تواند مقادیر كافی هورمون تولید كند، سطوح T4 كاهش می‌یابد.اعتقاد بر این است كه تیروئیدیت بعد از زایمان توسط پاسخ غیر طبیعی سیستم ایمنی ایجاد می‌شود. عوامل خطرساز این بیماری شامل بیماری‌های خود ایمنی از قبل موجود، سابقه‌ی خانوادگی تیروئیدیت و توسعه‌ی تیروئیدیت بعد از زایمان بعد از بارداری قبلی می‌باشد.
تیروئیدیت حاد به عفونت بخش بالایی دستگاه تنفسی كه عمدتا عفونت ویروسی می‌باشد، نسبت داده می‌شود. تیروئیدیت خاموش عمدتا زنانی‌كه دارای تنها یك كودك هستند را تحت تاثیر قرار می‌دهد. اعتقاد بر این است كه داروهایی مانند اینترفرون و آمیودارون می‌توانند مسئول ایجاد التهاب باشند. تیروئیدیت عفونی حاد عمدتا توسط عفونت باكتریایی ایجاد می‌شود.كیست ساختاری بسته و كیسه‌مانند است كه حاوی مایعات، گاز یا مواد شبه‌جامد می‌باشد كه بخش عادی یك بافت به حساب نمی‌آید. كیست‌ها بسیار متداول هستند و ممكن است در هر جای بدن و در هر سنی اتفاق بیفتد.