بیماری خودایمنی هنگامی رخ می دهد كه دستگاه ایمنی بدن به اشتباه حمله به خود بدن را آغاز می كند.
كرون، بیماری التهابی رودههاست كه اگرچه باعث زخم رودههای كوچك و بزرگ میشود، اما ممكن است بر هر قسمتی از دستگاه گوارش (از دهان تا مقعد) تاثیر بگذارد.
كرون را نباید با كولون اشتباه گرفت چرا كه با وجود تشابه علل ابتلا، بیماری كولون (كولیت اولسراتیو) تقریبا به بیماری مزمن التهابی دیگری كه تنها كولون را درگیر میكند، مربوط میشود. در افرادی كه خویشاوندانشان مبتلا به كولیت اولسترایتو هستند، خطر ابتلا ده برابر بیشتر از افراد عادی است.
علت این بیماری نامعلوم است. برخی محققان به عفونتی كه توسط باكتریهای خاص ایجاد میشود، مشكوكند.از طرفی به نظر میرسد، فعال شدن سیستم ایمنی رودهها نیز در بیماریهای التهابی آنها موثر است، چرا كه التهاب، یك مكانیسم دفاعی مهم در برابر فعالیت سیستم ایمنی است. سیستم ایمنی به طور طبیعی تنها در برابر عوامل خارجی مضر فعال میشود، ولی در اشخاص مبتلا به كرون، این سیستم به طور غیرطبیعی و در غیاب هر نوع عامل خارجی فعال میشود و این فعال شدن مكرر ـ كه احتمالا ژنتیكی است ـ میتواند به التهاب و زخم مزمن منجر شود.سیستم ایمنی به طور طبیعی تنها در برابر عوامل خارجی مضر فعال میشود، ولی در اشخاص مبتلا به كرون، این سیستم به طور غیرطبیعی و در غیاب هر نوع عامل خارجی فعال میشود.